Mit der ersten Staffel als Grundlage taucht die zweite Staffel von „Hanna“ tiefer in die dunklen Geheimnisse von Utrax ein. Darüber hinaus enthüllt es auch, was die finstere Organisation unternimmt, um alle ihre jugendlichen Gefangenen zu manipulieren und sie in tödliche Waffen zu verwandeln. Staffel 2 ist vollgepackt mit mehreren Enthüllungen und ein wenig Vorahnung für das nächste potenzielle Kapitel. Es versteht sich also von selbst – lassen Sie uns alle Handlungspunkte und das Ende der Serie unten aufschlüsseln. (Spoiler voraus)
Nachdem Clara aus der Einrichtung von Utrax entkommen ist, begleitet sie Hana. Während sie in den Wäldern überleben, versuchen die Beamten von Utrax, sie aufzuspüren. In der Zwischenzeit werden die verbleibenden Mädchen, wie in Staffel 1 enthüllt, in eine ganz neue Einrichtung namens The Meadows verlegt. Clara fällt später in eine von Utrax 'Fallen und landet wieder bei den anderen Mädchen. Währenddessen nimmt Marissa Hanna unter ihre Fittiche und verhindert, dass sie Clara retten kann, um ihr vergangenes Fehlverhalten wiedergutzumachen. Trotzdem gelingt es Hanna, Marissa davon zu überzeugen, ihr zu helfen, Clara zu retten. Als Ergebnis erreichen sie The Meadows, um diese Rettungsmission auszuführen.
Allerdings läuft nichts wie geplant. Utrax nimmt Marissa gefangen, während Hanna Teil von Utrax 'gefälschtem sozialem Setup bei The Meadows wird. Obwohl sie sich zunächst wehrt, akzeptiert sie schließlich The Meadows zusammen mit Clara und den anderen als ihr neues Zuhause. Bald schließen sich Hanna und Jules zusammen und werden zu ihrer ersten realen Attentatsmission ausgesandt. Hanna muss sich jetzt entscheiden: Wird sie sich weiter von Eriks Weg entfernen oder wird sie heimlich gegen Utrax planen?
Bei The Meadows werden alle Mädchen, die von Utrax operiert werden, plötzlich freigelassen. Im Gegensatz zu ihrer bisherigen medizinischen Einrichtung bietet ihnen der neue Standort farbenfrohe Schlafsäle, fiktive Familien, Zugang zu sozialen Medien und die Möglichkeit, sich mit anderen auszutauschen. Ohne dass die Mädchen es wissen, ist all dies jedoch nur eine simulierte soziale Einrichtung, die ihnen hilft, mehr über das Leben in der realen Welt zu lernen. Wie in der vorherigen Staffel selbst angedeutet, hatte Utrax immer die Absicht, diese Mädchen in die reale Welt zu schicken. Auf diese Weise können sie sich absichtlich wie normale Teenager verhalten, da dies ihnen wiederum hilft, sich in der realen Welt als gewöhnliche Menschen zu verkleiden.
Bei den meisten Mädchen gewinnt Utrax die Kontrolle über sie, indem es ihre zuvor bestehenden Vorstellungen von Familie, Religion und Freunden ersetzt. Hanna und Clara haben jedoch Schwierigkeiten, die Kontrolle zu erlangen, da sie bereits wissen, dass sie ihre Familien verloren haben. Für sie versucht die Organisation also, die Lücke in ihnen zu füllen, die sich nach einer Familie sehnt, anstatt sie zu ersetzen. Und so findet Hanna, selbst nachdem sie weiß, dass ihr Vater tot ist, Trost in The Meadows.
Hanna und Jules erhalten ihre erste reale Mission, bei der sie erwarten, dass Hanna ihre Erfahrungen in der Außenwelt einsetzt. Was Jules betrifft, so sagt Leo ihr heimlich, sie solle Hanna im Auge behalten. Laut ihrem Leitbild müssen sie die wahre Identität eines Whistleblowers namens Tacitus ermitteln und den Ort herausfinden, an dem er die Londoner Journalistin Nicola Gough treffen will. In der Erklärung wird auch erwähnt, dass sie nur über ihre Frau Bethany James, die Professorin an der London South Bank University ist, Zugang zu Nicola erhalten können.
Nachdem Hanna durch Bethanien gegangen ist, kommt Hanna endlich mit Nicola in Kontakt. Sie fotografiert Auszüge aus Nicolas Notizbuch und schickt sie an The Meadows. Nachdem sie diese entschlüsselt hat, folgert Terri, dass Tacitus ein in Barcelona ansässiger Militäranwalt namens Robert Gelder ist. Obwohl sich die Serie Zeit nimmt, um zu enthüllen, warum John Carmichael Robert Gelder (alias Tacitus) eliminieren will, wird klar, dass Robert das Geheimnis von Johns Motiven hinter Utrax hält. Robert beabsichtigt, Nicola diese Geheimnisse zu enthüllen, damit sie die Wahrheit letztendlich der ganzen Welt enthüllen kann.
In Barcelona lernt Hanna auch Stephen kennen, einen Mann, der für Marissa arbeitet. Stephen erklärt, dass das, was heute als Utrax bekannt ist, früher aus einer kleinen Splitterzellgruppe nationaler Radikaler innerhalb einer Agentur namens The Pioneer Group bestand. Er sagt ihr, dass er nun zu den wenigen Mitgliedern der Gruppe gehört, die nicht den falschen Weg gegangen sind. Und so will er wie Hanna die erste Operation von Utrax stoppen. Hanna verbündet sich mit Stephen und die beiden machen sich daran, die Ermordung von Robert und Nicola zu stoppen. Unbemerkt von ihnen behält Jules ein Auge auf Hanna und erfindet ihren Plan.
Wegen Jules scheitert Stephens Plan, Nicola vor dem Abfangen zu retten. Um die andere Seite der Mission abzubrechen, reist Hanna nach Barcelona, wo Clara und Sandy versuchen, Robert Gelder abzufangen. Hanna wendet sich an Clara und versucht sie davon zu überzeugen, dass Utrax nichts Gutes im Schilde führt. Aber Clara entlässt sie einfach, indem sie sagt, dass sie die Organisation nicht in Frage stellen und sich darauf konzentrieren sollen, ihrer Nation zu dienen. Erst als Hanna sie davon überzeugt, dass ihre Mutter noch lebt, ändert sich Claras Einstellung zur Mission.
Durch Roberts Tochter Kat erfährt Sandy den Aufenthaltsort des Hotelzimmers, in dem Robert wohnt. Damit machen sich Clara und Sandy daran, ihre letzte Mission auszuführen, den Anwalt zu töten, bevor er Utrax entlarvt. Clara zögert, aber Sandy deckt ihre Fehler, indem sie Robert rücksichtslos tötet. Trotzdem kontaktiert Robert vor seinem Tod eine Journalistin namens Alba, die ein Dokument von einem der Mitarbeiter des Hotels abholt. Dieses Dokument enthält die Geheimnisse von Utrax.
Im Anschluss daran, mit all den Handlungen, die folgt, stirbt Alba, aber Hanna bekommt das Dokument in die Hände. Dieses Dokument enthüllt schließlich, dass die Liste der Attentatsziele von Utrax aus potenziell einflussreichen Anwälten, Aktivisten und anderen Experten verschiedener Bereiche besteht, die später in der Welt etwas bewegen könnten. Die meisten Personen, die in dieser Zielgruppenliste genannt werden, sind unter 18 Jahre alt und alle sind unter 30 Jahre alt. Und das ist der Grund, warum die Existenz von Utrax die ganze Zeit ein Geheimnis war. Sie wollten eine jüngere Generation von Führungskräften auf unethische Weise eliminieren, um die Kontrolle über die Welt zu erlangen. Und natürlich sind Teenager, die ihr ganzes Leben lang einer Gehirnwäsche unterzogen wurden, die perfekten Kandidaten für eine Mission wie diese.
Während dieser ganzen Zeit war es Johns Schuld, dass Robert von der Mission erfuhr. Wie in einer Rückblende enthüllt, hat sich John einmal betrunken und dem Anwalt alles über die geheimen Motive von Utrax erzählt. Aber anstatt John bloßzustellen, übernimmt Marissa die Kontrolle und erpresst ihn, um sie zu den höheren Mächten der Pioneer Group zu führen, die ihm den Befehl gab, Utrax zu leiten. Das Ende bereitet die Bühne für eine weitere Staffel, in der Marrissa und Hanna nun diejenigen eliminieren, die die böse Pioneer Group führen. Clara wird wahrscheinlich nicht mitkommen, wenn sie nach Ägypten reist, um endlich ihre Mutter zu treffen.